Eu tenho instalado algumas aplicações Java no Ubuntu 7.10 e, geralmente, elas abrem com uma tela vazia, sem nenhum componente sendo exibindo.
Eu instalei o IRPF 2008 (sim, existe uma versão pra Linux), o Netbeans 6.1 e aconteceu com eles o mesmo problema.

Procurando na internet, eu descobri que isso é um conflito com o Compiz e existem duas soluções:
1) Desabilitar o Compiz. Vá em Sistema > Preferência > Aparência e na aba “Efeitos Visuais” escolha a opção “Nenhum”. Isso irá resolver o problema, mas irá deixar o Ubuntu muito simples. Se você não quer desabilitar o Compiz, escolha a opção segunda opção.
2) Definir uma variável de ambiente. Essa solução resolve o problema e não é necessário desabilitar o Compiz. Execute o seguinte comando para editar o arquivo /etc/profile:
sudo gedit /etc/profile
E então adicione as linhas abaixo no final do arquivo e salve:
# resolvendo o conflito do java com compiz
AWT_TOOLKIT=MToolkit
export AWT_TOOLKIT
Reinicie o pc – um logout já resolve – para poder abrir qualquer aplicação Java normalmente.
Eu sou 
Caro, nada haver com o assunto, mas como eu instalo essa barrinha de aplicativos no gnome? qual o nome desse applet?
Essa é a Kiba-Dock [http://www.kiba-dock.org], mas existe outras barrinhas, como a AWN [https://launchpad.net/awn].
Um abraço!
Resolveu meu problema apenas com a criação das variáveis de ambiente. Obrigado!